案情回顾
海南三正实业投资有限公司（以下简称三正实业公司、上诉人）因与被海南省海口市地方税务局（以下简称市地税局、被上诉人）税务行政管理纠纷一案，前由海口市龙华区人民法院于2012年6月20日作出（2012）龙行初字第73号行政判决书，三正实业公司不服，向海口市中级人民法院提出上诉。
三正实业公司于2007年1月开工建设的"执信•海天怡心园"，于2009年1月竣工，同年9月，三正实业公司聘请海南恩特税务师事务所有限责任公司对该项目进行土地增值税鉴证审核，并于10月22日向市地税局进行土地增值税清算申报。三正实业公司根据海南省地方税务公布的琼地税发（2009）104号《关于土地增值税有关问题通知》相关文件，在进行土地增值税清算申报时，将普通住宅和非普通住宅合并清算，申报应缴、补缴土地增值税为0。市地税局依据国家税务总局（国税发（2006）187号文第一条第二款、国税发（2009）91号《土地增值税清算管理规程》第十七条及海南省地方税务局《关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税发（2009）187号）通知第二条、海南省地方税务局《关于明确土地增值税若干问题的复函》琼地税函（2010）429号第三条的规定：认为对同一清算单位的房地产项目中同时包含普通住房和非普通住房的，应分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率，征收土地增值税，遂于2012年2月7日向三正实业公司作出《土地增值税清算税款缴纳通知书》（即海口市地税清缴（2012）2-1号），认定三正实业公司开发的该项目清算应缴土地增值税3,212,908.80元，已缴2,893,751.70元，应补319,657.10元，限于2012年2月20日到税务机关缴纳。三正实业公司不服，向海南省地方税务局申请复议，海南省地方税务局作出琼地税复决字（2012）2号行政复议决定书，维持市地税局的决定，三正实业公司不服，遂向法院起诉。
一审法院认为：市地税局对三正实业公司开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅，分别计算土地增值税，并无不当之处。三正实业公司仍不服，上诉至海口中院。
上诉中，三正实业公司认为：税务文件并未规定土地增值税清算时不能将普通住宅和非普通住宅合并清算，仅规定了未分别计算的不得适用"增值额未超过扣除项目金额20％免征土地增值税"【即合并清算是可以的，只是不能适用免征20％规定】。
市地税局辩称："纳税人自愿不享受免征20%的优惠政策、不分别申报就可以合并计算"，是对文件的错误理解。该条的立法本意是：纳税人应分别申报，纳税人不分别申报不能享受优惠政策。不论纳税人是否分别申报，税务机关都得按国税发（2009）91号文第十七条规定"分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税"进行清算审核。
争议焦点
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅，增值税额是可以否合并计算。
法院观点
三正实业公司认为合并清算的主要依据是2009年6月29日由海南省地方税务局下发的《海南省地方税务局关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发[2009]104号）（以下简称104号文），该通知中规定：纳税人开发的房地产项目，同时包含普通住宅与非普通住宅的，在申报土地增值税清算时，应按普通住宅与非普通住宅的面积分别计算增值额。未分别计算的，不得适用"建造普通住宅出售，增值额未超过扣除项目金额百分之二十免征土地增值税"。而"未分别计算"即是允许上诉人可以分别计算土地增值税。上述内容针对的是纳税人开发的房地产项目在申报土地增值税清算时如何计算增值额的规定，上诉人申报的土地增值税款鉴证报告未分别计算增值额，并未违反上述规定；但104号文是海南省地方税务局为贯彻国家税务总局《关于印发〈土地增值税清算管理〉的通知》（国税发[2009]91号文）（以下简称91号文）而对土地增值税有关问题作的进一步明确。91号文中《土地增值税清算管理规程》第十七条（以下简称第十七条）规定，"清算审核时，应审核......对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税"。被上诉人作为主管税务机关在审核上诉人提交的《土地增值税款鉴证报告》时，认为上诉人申报的合并计算土地增值额的鉴定报告不符合第十七条规定，经委托鉴定部门鉴定，对普通住宅和非普通住宅分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税后，计算出上诉人应缴纳土地增值额为3212908.80元。被上诉人依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则与相关政策规定，向上诉人发出税款缴纳通知，并告知了相关权利义务。被上诉人作出的具体行政行为所认定的事实清楚，适用法律、法规正确，程序合法。
观点分析
法院认为：（1）根据琼地税发[2009]104号文件精神，允许纳税人可以合并计算土地增值税，纳税人申报的土地增值税款鉴证报告未分别计算增值额，并不违反相关规定。（2）税务机关在审核鉴证报告时，根据国税发[2009]91号文又可以认为纳税人申报的合并计算土地增值额的鉴定报告不符合规定，重新分别计算。——言下之意，双方都对：纳税人可以按合并提交清算，税务机关也可以在审核清算中要求分开清算。这个判决虽然解决了这个案子的问题，但依然没有对“土地增值税到底可不可以合并清算“做出一个结论。但最后判决的结果是三正实业败诉。
本案中，纳税人依据的琼地税发[2009]104号文件。其实，在《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）也规定了：“对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。“那么，从这个文件中是否也能引申出“允许纳税人可以合并计算土地增值税”的意思呢？要知道48号文是财政部、国税总局联合发文，而财政部是土地增值税暂行条例的唯一解释方（《土地增值税暂行条例》第十四条：本条例由财政部负责解释，实施细则由财政部制定。《土地增值税暂行条例实施细则》第二十二条：本细则由财政部解释，或者由国家税务总局解释。）
土地增值税的特点是清算主体划分越细带来的永恒的差异就越大——某一项目某一类产品发生的亏损既不能从时间上向后延续，也不能从空间上向其他产品分摊。因此，清算主体的确定也成为土地增值税清算中的一个重大争议。
作者观点
回过头来说到问题本身，该案例应该是个很极端的案例：普通住宅巨额亏损，其他产品有增值。那么将这两个业态强制分开清算是否合理？
首先我们重新分析一下有关规定普通住宅和非普通住宅能否合并纳税的文件
①国税发[2009]年91号文中《土地增值税清算管理规程》第十七条（以下简称第十七条）规定，" 清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
《土地增值税暂行条例》第八条规定，有下列情形之一的，免征土地增值税：（一）纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20％的。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第十三条规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）提出，纳税人既建造普通住宅，又建造其他商品房的，应分别核算土地增值额。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
由此可见普通住宅与非普通住宅分开核算是土地增值税清算的一项基本要求。之所以会造成歧义，主要是48号文规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。三正集团认为既然他放弃享受20%免税的权利，就可以不分别核算增值额，也就认为可以把普通住宅和非普通住宅合并缴纳土地增值税。
但需要明细的是免税规定是属于纳税人的权利，关于权利可由纳税人自主选择，法律规定应分别核算增值税，“应”在法律文书上的含义主要是"表示情理上的理所当然",包括履行一定的义务或责任，也就是说“应当分别计算增值额“是纳税人的一项义务。对于法律主体来说：“履行义务”是无条件的，而“享受权利”有条件的，不能用一个有条件享受的权利去对抗另一个无条件履行的义务。也就是：是否享受税收优惠是纳税人可以自由选择的，而分别计算增值额不是纳税人可以自由选择的，更不能以放弃享受的权利来对抗应当履行的义务
从税务局立法的意图分析，分别计算增值额是为了实行递级税率体现多得多纳的精神。国税函【2004】938号，规定是“按月份汇总申报”，由于程序规定不能违反实体法原则，所谓“按月份汇总申报”实际上是“按月份分类汇总计算申报”，因此从条例上根本没有所谓“合并计算增值额”的规定。汇总计算和合并计算是两个不同的计算方法，两个若允许合并计算就失去了实行递级税率体现多得多纳的精神了。
综上所述，本文作者认为普通住宅和非普通住宅应该分别核算增值额。
注：案例援引自邹胜元素说税《也谈妖税的奇葩判例：土地增值税合并清算之争》
作者:俞银琪 许乐 方敬春
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