农业是国民经济中最基础、最关键的部门之一，国家为鼓励农业发展，在生产环节规定农业生产者销售自产农产品免征增值税，在流通环节对农产品执行低税率，并相继出台了部分农产品在流通环节免征增值税的优惠政策。由于增值税环环抵扣，具有传导机制，如不进行政策上的特殊规定，会导致下游企业没办法抵扣进项税或高征低抵，故农产品增值税抵扣规则繁琐复杂，很多企业错误适用政策造成税务风险或者税款损失。本文就农产品整个供应链中涉及的增值税抵扣、开票等相关问题结合实务进行分析说明。
一、农产品增值税免税、抵扣以及发票方面的一般性规定
1.农产品增值税免税和抵扣的基本规定
1.1生产环节：农业生产者销售的自产农产品免征增值税；纳税人采取“公司+农户”经营模式从事畜禽饲养以及农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
1.2流通、加工环节：《农业产品征税范围注释》中的初级农产品适用9%低税率。进项抵扣方面，下游环节中若从农业生产者处直接采购及从小规模纳税人处采购（前提放弃免税）一般可以计算抵扣，其余的一般需要凭专票抵扣，避免了无法取得上游进项问题。免税政策方面，从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税；从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税；单一大宗饲料等在国内流通环节免征增值税；批发零售种子、种苗、农药、农机免征增值税。
2.发票取得及抵扣情形
注：上述只列举了部分常见农产品免税及抵扣涉及的主要规定。政策截止日2023年12月。
二、农产品供应链中增值税进项税额抵扣分析
对于购进农产品抵扣进项税，一种是凭票抵扣，一种是核定扣除，凭票抵扣又分为根据票面税额抵扣和计算抵扣，根据采购渠道的不同以及供应商的身份不同，导致购进的原辅材料进项税额抵扣可分为几种情况，需要由采购单位根据自己在供应链中的角色选择合适的抵扣链条。
通常来说，针对蔬菜、鲜活肉蛋等农产品，由于在流通环节有特殊的免税政策，可以在整个增值税链条中选择免税，但是如果是下游客户有特殊要求或者用于制作应税产品，流通、加工环节可以选择放弃免税并开具专票使下游可以抵扣进项。针对其他农产品，生产环节免税，流通环节实行低税率，加工环节若将加工成税率13%的商品可额外加计抵扣1%。
我们区分流通环节不免增值税的一般农产品和在流通环节免增值税的蔬菜、鲜活肉蛋等特殊农产品来进行分析，总结了几种常见的农产品抵扣链条（并非完全列举），结合流程图进行以下分析说明：
1.针对流通环节不免增值税的一般农产品：
链条1.1
该链条1.1需要注意：（1）中间批发商开具收购发票只能向农户个人开具，不能向单位如养殖场开具收购发票，且开具的收购发票信息需要填写齐全（如农户个人身份信息需完整），避免出现收购发票不合规而不能抵扣的情况；（2）若是加工厂购进农产品既用于生产13%税率商品又用于销售其他货物服务的，应当分开核算，否则只能按9%抵扣；（3）领购农产品收购发票需要符合领取资格，可向主管税务机关提出申请，经税务机关审批核定收购发票的种类和数量。
链条1.2
该链条下涉及到小规模纳税人，需要注意取得发票的类型：（1）若小规模纳税人未选择放弃享受减征增值税政策，开具了1%征收率的增值税专用发票，则下游加工厂不能按9%扣除率抵扣进项税额；（2）若小规模纳税人开具了增值税普通发票，则下游加工厂也不能抵扣进项税额；（3）如流通环节不经过加工，餐饮公司直接向小规模纳税人采购农产品，情况类似，下游取得3%征收率的专票后可以按9%计算抵扣。
链条1.3
说明：（1）该链条下从生产到批发到最终销售端都是9%的农产品，都可以作进项抵扣，对于流通环节的单位来说，税负是相对低的；（2）如流通环节不经过中间批发商，餐饮公司直接向农业生产者采购，或者中间环节为加工厂，情况均为类似，农业生产者的下游按照9%计算抵扣（加工厂在生产领用当期再额外加计抵扣1%）。
2.针对流通环节免税的蔬菜、鲜活肉蛋等特殊农产品
链条2.1
说明：该链条下由于最终消费者大部分是个人，批发环节的中间批发商和零售环节的超市等一般会选择适用增值税免税政策，不计算抵扣进项，整个链条都是开具免税发票。
链条2.2
说明：该链条下由于加工厂取得的是流通环节批发商销售免税农产品开具的免税发票，就无法抵扣进项，若其将农产品加工成13%货物销售出去需按13%缴销项，这样对加工厂的税负就增大了。但加工厂可以与上游批发商协商要求其开具专票进行抵扣，这种情况下相当于上游批发商选择了放弃免税，批发商从农业生产者处购入时按9%计算抵扣，并开给下游加工厂9%的增值税专票，批发商的税负不会有较大变化，加工厂最终也可以按10%的扣除率抵扣进而降低了其税负。
需要特别说明的是，流通环节（中间批发商）如果选择放弃免税，计算抵扣，则供应给其他客户的蔬菜、鲜活肉蛋商品也不得再适用免税政策，且36个月内不得再申请。
链条2.3
说明：该链条下涉及小规模纳税人，与链条2.2的情况类似，对加工厂来说按上述流程图取得免税发票不得抵扣进项的话税负会比较大，只能通过让上游小规模纳税人放弃免税开具3%征收率的专票，加工厂才可以做进项抵扣。对于小规模纳税人来说，同链条2.2，如果选择放弃免税，则供应给其他客户的蔬菜、鲜活肉蛋商品也不得再适用免税政策，且36个月内不得再申请。
链条2.4
说明：该链条下流通环节加工厂直接向农业生产者采购，计算抵扣进项。
结合上述链条可以发现，针对流通环节免税的蔬菜、鲜活肉蛋等特殊农产品，可以选择全链条免增值税。但是如果下游客户有抵扣进项的需求，在批发零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票以及小规模纳税人开具的增值税普通发票不能抵扣进项税额，故在上述链条说明中也提到了纳税人可选择放弃免税进而取得专票进行抵扣。这里关于放弃免税事项作进一步提示：1.免税资格放弃后就需要依照规定缴纳增值税，且放弃免税、减税后，36个月内不得再申请免税、减税；2.目前对于流通环节免征增值税的农产品根据相关政策通知主要有蔬菜、部分鲜活肉蛋产品，严格来说一旦某种农产品放弃免税，则其他农产品也不得再享受免税。但目前纳税人放弃免税权不再需要报主管税务机关备案，也有地方税务局对于放弃免税事项口径相对宽松，认为这几大类免征增值税政策都是独立适用的，也就是说，蔬菜这类农产品放弃免税，不影响鲜活肉蛋产品继续适用免税，故建议单位对放弃免税权事项提前与当地主管税务机关确认；3. 企业在会计核算上应分别核算增值税免税商品和应税商品的销售额。
三、结语
根据上文的抵扣链条，我们可以看到，从农田到餐桌，从农业生产者到最终消费者，在不同类型农产品、不同供应链环节中，农产品增值税的抵扣都是有所不同的。虽然部分农产品在流通环节也有特殊免税政策，但实务中可能由于下游需求而选择放弃免税。在凭票抵扣的情况下，企业对于发票的开具和抵扣应注意规范，尤其是需要准确区别上游供应商的身份，判断应该取得的抵扣凭证类型（带收购字样的普票、一般的普票、征收率3%的增值税专用发票等），正确运用农产品相关政策，减少税务风险，使得供应链中各方都能享受政策红利，实现多赢和良性循环。
作者：中汇（浙江）税务师事务所高级经理 殷勇/助理经理 楼徐波
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